Là Hiệp định FTA song phương đầu tiên của Việt Nam, VJEPA được ký kết 25/12/2008 và chính thức có hiệu lực từ ngày 1/10/2009. Hiệp định VJEPA là một thỏa thuận song phương mang tính toàn diện bao gồm các nội dung cam kết về tự do hóa thương mại hàng hóa, thương mại dịch vụ, đầu tư và các hợp tác kinh tế khác giữa hai nước, được xây dựng phù hợp với các chuẩn mực và nguyên tắc của Tổ chức Thương mại thế giới (WTO).
Lộ trình giảm thuế của Việt Nam trong Hiêp định VJEPA đã bắt đầu ngay khi hiệp định có hiệu lực (2009) và kéo dài 18 năm (kết thúc 2026).Các mặt hàng được cắt giả xuống 0% tập trung vào các năm 2019 và năm 2025.Về diện mặt hàng, các mặt hàng được xóa bỏ thuế quan chủ yếu là các mặt hàng công nghiệp.
Về mức cam kết chung trong vòng 10 năm kể từ khi thực hiện Hiệp định, Việt Nam cam kết tự do hóa đối với khoảng 87,66% kim nghạch thương mại và Nhật Bản cam kết tự do hóa đối với 94,53% kim nghạch thương mại.
Vào năm cuối của lộ trình giảm thuế tức là sau 16 năm thực hiệnhiệp định, Việt Nam cam kết tự do hóa đối với 92,95% kim nghạch thương mại.
Biểu cam kết của Việt Nam bao gồm 9.390 dòng thuế (dựa trên ASEAN Harmonised Tariff Nomenclature 2007), trong đó đưa vào lộ trình cắt giảm đối với 8.873 dòng thuế.
Số dòng thuế còn lại là các dòng thuế ô tô chưa lắp ráp và các dòng thuế không cam kết cắt giảm.Theo VJEPA, thuế suất bình quân đối với hàng nhập khẩu từ Nhật Bản vào Việt Nam sẽ giảm dần từ 6,1% năm 2015 xuống còn 3,7% vào năm 2018.
Các mặt hàng thủy sản, nông sản, dệt may, sắt thép, hóa chất, linh kiện điện tử có mức cam kết tự do hóa mạnh mẽ nhất.Đến năm 2026, theo thỏa thuận, Việt Nam và Nhật Bản cơ bản hoàn tất lộ trình giảm thuế để xây dựng một khu vực thương mại tự do song phương hoàn chỉnh. Theo đó, 94,53% kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam và 87,6% kim ngạch xuất khẩu của Nhật Bản sẽ được miễn thuế nhập khẩu.
Thực hiện theo lộ trình đã cam kết, ngày 14/2/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 25/2015/TT-BTC kèm Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam theo VJEPA giai đoạn 2015 - 2019. Theo đó, kể từ ngày 1/4/2015 sẽ có thêm 150 dòng hàng được cắt giảm thuế quan về 0%, nâng tổng số dòng hàng được xóa bỏ thuế kể từ khi VJEPA có hiệu lực lên 3.234 dòng, tương đương 34,09% toàn biểu thuế nhập khẩu.
Thuế quan được cam kết cắt giảm dần theo từng giai đoạn. Các mặt hàng máy vi tính, sản phẩm điện tử; nguyên phụ liệu dệt may, da giày có lộ trình xóa bỏ thuế quan sớm do đây là các mặt hàng công nghệ cao, linh kiện lắp ráp, nguyên liệu phụ trợ cần nhập khẩu trong nước chưa đáp ứng được, trong đó nhiều mặt hàng cũng có thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) 0%.
Trong các giai đoạn tiếp theo, thuế nhập khẩu của hầu hết các mặt hàng còn lại cũng sẽ giảm dần để tiến tới đưa về 0%. Với các ưu đãi như vậy, hàng Việt sẽ có cơ hội lớn để thâm nhập thị trường Nhật Bản, đặc biệt là các sản phẩm nông, thủy sản và hàng dệt may.
Tuy nhiên, dù được ưu đãi về thuế, song Doanh nghiệp Việt Nam tận dụng được cơ hội này không phải là chuyện dễ bởi Nhật Bản là một trong những thị trường khó tính nhất thế giới với tiêu chuẩn kỹ thuật cao và quy trình nghiêm ngặt.
Các Doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt là các Doanh nghiệp nhỏ và vừa phải thường xuyên cập nhật thông tin, nắm rõ lộ trình cắt giảm thuế của từng mặt hàng.
Để có thể hưởng được những lợi thế đó, các doanh nghiệp phải tìm hiểu thật kỹ nội dung của hiệp định, từng điều khoản đối với lĩnh vực mình quan tâm.
Phải tìm hiểu kỹ tiêu chuẩn kỹ thuật của sản phẩm sẽ xuất sang Nhật Bản, chẳng hạn thủy sản phải đảm bảo tiêu chuẩn an toàn vệ sinh thực phẩm, đồng thời phải có giá cạnh tranh với doanh nghiệp các nước khác, đồng thời để các Doanh nghiệp tận dụng VJEPA nhằm nâng cao năng lực cạnh tranh, cần sự chung tay của rất nhiều các đơn vị liên quan, đòi hỏi sự phối hợp đồng bộ từ Chính phủ, các cơ quan chức năng, ngân hàng và từ chính bản thân các Doanh nghiệp, đặc biệt là trong giai đoạn đầu hội nhập.
